شیمی گیاهی را اصطلاحا فیتو شیمی می‌گویند. در این شاخه از شیمی به بررسی خواص شیمیایی و دارویی گیاهان مختلف می‌پردازند.در واقع شاخه‌ای از علم شیمی است که به مطالعه ترکیبات شیمیایی گیاهان مانند متابولیت‌های ثانویه گیاهی می‌پردازد.به بیانی دیگر می‌توان گفت که این علم با شیمی گیاهان دارویی طی سالیان بسیار زیاد ارتباط داشته‌است و ترکیبات گیاهی نقش بسزایی در صنعت داروسازی داشته‌اند.   از روش‌های معمول در علم می‌توان به استخراج و جداسازی، تغلیظ، آنالیز و روش‌های کروماتوگرافی و الکتروفورز که باعث شناخت فرمو‌ل‏های دقیق ساختاری و مسیرهای بیوسنتزی می‌شود. شواهد فیتوشیمیایی از انواع شواهد و صفات مورد استفاده در طبقه بندی‌های فیلوژنتیکی هستند، به شکلی که در گونه‌های دارای نزدیکی و خویشاوندی با یکدیگر، ترکیبات مشابهی یافت می‌شود اما همیشه نیز این گونه نیست. 
 به طور کلی از نظر ساختار علمی و روش های اجرایی و اهداف پروژه ها فیتو شیمی بسیار شبیه به شاخه ی فارماکوگنوزی از شاخه های تخصصی دارو سازی است. شاید بسیاری از محققان در رشته ی فیتو شیمی متوجه نباشند که پروژ های آن ها بسیار شبیه به محققان در رشته ی فارماکوگنوزی در دانشکده های دارو سازی است. این دو گروه می توانند همکاری های زیادی داشته باشند و نتیجه ی کار آن ها که حاصل التقاط شیمی و داروسازی است می تواند بسیار مثمر ثمر باشد. به طور مشابه نیز بسیاری از محققین متخصص داروساز که دوره های رزیدنتی را در زیر شاخه ی فارماکوگنوزی می گذرانند شاید از وجود زیر شاخه ی فیتو شیمی اطلاعاتی نداشته باشند. جالب آنجاست که آنچه یک محقق فوق لیسانس  یا پی اچ دی در رشته ی فیتوشیمی انجام می دهد توسط دانشجو های پی اچ دی داروسازی در دانشکده های داروسازی هم انجام می شود. این شباهت بسیار زیاد بوده و شامل استفاده از روش های جداسازی و استخراج به همراه روش های کرومانوگرافی و اسپکتروسکوپی برای شناسایی و جداسازی مواد دارویی در گیاهان است.
 البته نباید غافل شد که محققین داورساز در زمینه ی فارماکوگنوزی اطلاعات بیشتری در مورد خواص دارویی ترکیبات جدا شده از گیاهان داشته و با انجام آزمایشگاه های تکمیلی میزان قابلیت دارو بودن ترکیبات شیمیایی استخراج شده از گیاهان را نیز می سنجند.
 البته به نظر می رسد در این زمینه ها دانشکده های شیمی و داروسازی در ایران می توانند همکاری های بسیاری داشته باشند و هم اکنون هم پروژه های زیادی به صورت مشترک بین این واحد ها در کشور تعریف و انجام می شود. 
 یکی از مزیت های استفاده از گیاهان برای تولید دارو ارزان و طبیعی بودن آن ها است. گاهی یک گیاه یک ترکیب پیچیده را به راحتی و فقط با استفاده از نور و آب و هوا سنتز می کند که سنتز آن در محیط آزمایشگاهی بسیار طاقت فرسا خواهد بود. این مزیت عمده ی دارو های گیاهی است که منجر به ایجاد شاخه های فیتوشیمی و فارماکوگنوزی در دانشگاه های دنیا شده است. 
 از دانشکده های بسیار فعال در این زمینه به دانشکده ی شیمی دانشگاه شهید بهشتی و دکتر قاسمپور می توان اشاره نمود. همچنین واحد های فارماکوگنوزی دانشگاه تهران نیز در این زمینه فعال بوده و پروژه های بسیار جالبی در آن ها انجام شده است.